Tous les outils d'alignement comportent des options permettant à l'utilisateur de modifier ou corriger les résultats d'un alignement en modifiant la segmentation effectuée par le logiciel.
Par exemple, si un segment source a été traduit par deux segments cibles, il est nécessaire de réunir les deux segments cibles manuellement de manière à obtenir une unité de traduction correcte.
Si au contraire vous avez besoin de séparer deux segments, parce que par exemple la segmentation n'a pas été effectuée correctement ou parce que deux parties d'un segment source doivent être associées à deux segments cibles, les outils d'alignement permettent également de fractionner les segments manuellement.