Normalmente, el módulo de alineación procesa los archivos y sugiere el resultado al usuario. El usuario puede bien aceptar este resultado (en este caso, la alineación habría sido automática) o verificar el resultado de la alineación examinándolo segmento a segmento y corrigiendo errores manualmente, como en el ejemplo mostrado en la página anterior (alineación manual).
Como las alineaciones incorrectas de este tipo son bastante comunes y como a menudo es necesario traducir un segmento de origen por dos o más segmentos en la lengua de destino (o al revés), normalmente se recomienda la comprobación manual, con el fin de que los resultados importados a la MT sean tan "limpios" como sea posible.
Sin embargo, hay que procurar no dedicar tampoco demasiado tiempo en conseguir una alineación perfecta. La finalidad de la herramienta de alineación es mejorar la productividad. El objetivo es llenar una memoria de traducción tan rápido como sea posible con segmentos de traducción, no conseguir una alineación perfecta de todos los textos de origen y de destino. Por tanto, en la práctica es común ignorar las alineaciones incorrectas cuando son demasiado complejas.